掃描電鏡的功能很多，不同的功能對樣品的要求不同。例如二次電子像與背散射電子像和吸收電子像對樣品的要求基本相同，而與X射線微區分析對樣品的要求相差較遠。我們先介紹二次電子像的生物樣品制備技術。此外，由于樣品的性質不同，其處理方法和程序也有不同。主要分兩大類，一類為含水量少的硬組織，如毛發、牙齒及植物的花粉、孢子、種子等。此類樣品一般含硅質、鈣質，角質，砝瑯質和纖維素等成份，所以通常只經過表面清潔、裝臺(粘膠)、導電處理等簡單過程即可進行觀察。如要觀察其斷面或內部結構時，經斷裂、解剖或酶消化、蝕刻等再裝臺、鍍膜處理，即可進行觀察拍照。另-類為含水分較多的軟組織，如大多數的動植物器官、組織及均屬此類。對于此類樣品，在金屬鍍膜前，一般都需經過固定、脫水、干燥等處理，如不經處理或處理不當，就會造成樣品損傷和變形，出現各種假像，因此對每一處理步驟都應給予重視。
但是，不管是那一類樣品的制備，都應達到以下要求：
盡可能保持樣品活體時的形貌和結構，以便如實地反映樣品本來面目。在樣品的干燥過程盡可能減少樣品變形。樣品表面應有良好導電性能和二次電子發射率，以防止和減少樣品的荷電效應。
掃描電鏡樣品的前期處理主要包括表面清潔、固定、漂洗和脫水等過程。而每一過程的處理方法基本上都是沿用透射電鏡樣品的處理方法的，所以，這里不一一再作詳述。但是，由于兩種電鏡觀察的要求不同，因此，在處理中也有不同之處：
透射電鏡主要研究樣品的內部結構要求內部結構保存好，因而樣品宜盡可能小使固定液能迅時滲入固定。掃描電鏡觀察表面形貌，而且為了操作方便選取較大樣品。一般在8～10mm2左右，高度可達5mm。
掃描電鏡要求完整且清潔表面，但是在許多樣品的表面常附有粘液、血液、組織液及灰塵等雜物，妨礙著觀察，以致造成對圖像的錯誤解釋，所以，在固定前都必須特別做好表面的清潔工作。
