干燥是掃描電鏡生物樣品制備中的關鍵環節，如果處理不好，會直接影響到觀察的清晰度與準確度。要想制備出好的掃描電鏡生物樣品，需要在干燥過程中盡可能減少由于水分蒸發而引起的樣品表面形貌的形變，且必須確保干燥。大多數動植物容易發生明顯的塌陷和變形。因此，需要針對不同的生物樣品來選擇合適的干燥方法。
1.自然干燥法
自然干燥法是指樣品中的水分在大氣中自然蒸發，或樣品經脫水處理后脫水劑自然揮發而干燥的方法。
對干種子、果殼、某些干花粉、昆蟲標本等來說，自然干燥法是一個簡易實用有效的方法，雖然在自然干燥過程中，樣品體積有所收縮，但卻保留了樣品的基本形態。適用于外表堅硬的樣品，如外表有殼的昆蟲，木材等。
2.烘干干燥法
烘干干燥法是將要研究的樣品用烘干箱烘干，一般溫度控制在80℃以下，烘干程度以含水量在5%以下為好。此方法的干燥速度較快，但水分蒸發時可能造成樣品變形或斷裂。適用于不易變形且耐熱的樣品，比如淀粉粒、孢子粉等。
3.臨界點干燥法
臨界點干燥法是利用物質在臨界狀態下，液體和氣體的密度相等，氣液界面消失，液體的表面張力系數為零。臨界點干燥法之所以一直被視為制作生物醫學掃描樣品可靠的干燥方法，是因為此法能消除液體表面張力的作用，干燥出的樣品能zui大程度地保存其自然形態。
4.冷凍干燥法
冷凍干燥法是將含水樣品放入低溫環境中冷凍，或使用溶劑將樣品中的水逐級替換后冷凍，然后抽真空升華。它是利用低溫和真空，使樣品中的水分或溶劑直接升華，以達到干燥樣品的目的。冷凍干燥過程不經過液相階段，因而避免了氣相和液相之間表面張力對樣品的損傷。
5.真空干燥法
真空干燥法指的是將經脫水（多用梯度脫水）的樣品置于真空容器中進行干燥的方法。真空干燥法選用高熔點的有機溶劑（叔丁醇、乙腈、六甲基二硅胺烷、正丁醇等）作升華介質，既保留了冷凍干燥法的優點，又不用對樣品進行冷凍處理，無冷凍損傷，且操作簡單。適用于所有生物樣品，特別是細菌、細胞等微小樣品。
